深代京、天野雫、御法川心の３人が在籍するのは"幸運の女神が舞い降りる学園" と名付けられた小・中・高の一貫教育を行う由緒ある女子学校。
「清楚且つ正しい女性を育成する」
という設立当初の方針は幾多の改革、学園理事長の交代を受け 「生徒の自主性を重んじ、節度ある自由な学園」へと変化し、 様々な少女たちが親元を離れ、この学園での暮らしを楽しんでいた。
――物語はここから始まる・・・。

"キングダディー"から下る命令を必ず遂行する、
私設の極秘エージェント集団、"キングダム・ナンバーズ"
「重要人物の擁護」
「機密施設への潜入」
「ターゲットの捕捉」
「極秘書類の奪還」
「敵組織・施設の破壊」
と、その任務は多岐にわたる。 彼らはいくつかのチームによって組織されているが、 それぞれのチームは、自身以外のメンバーのことを知らされず、 その全貌は謎に包まれている。
――ただ、彼らの中で、
抜群の任務遂行率を誇る三人はこう呼ばれていた・・・
チームコード【シークレット・プリンセス】。
彼女達は普段は、なんと女子校生であった……。